Postaci il codice che utilizzi, così a scatola chiusa non saprei come venirti in aiuto.
Posso solo dirti di verificare che le nuove select(immagino siano select) che tu generi tramite jquery abbiano nomi diversi da quelle precedenti.

Esempio:

-Stato
-Regioni
-Città

Supponiamo che selezionando dalla select "stato" uno Stato jQuery ti generi a sua volta una seconda select con tutte le regioni dello stato selezionato. Se la nuova select presenta lo stesso nome della precedente non ti sarà possibile in PHP estrapolare lo Stato ma solo la Regione, dell'ultima select generata.

Postaci il codice e vedremo come aiutarti più precisamente.