Non conosco Doxygen per cui non posso consigliarti in merito.
Per la questione del codice standard, poi dipende sempre da quello che intendi te per "codice standard".
Non esiste mai un modo univoco per produrre un output: per esempio potresti non usare un sistema MVC/OOP e fare comunque un ottimo lavoro organizzato a dovere e ben documentato.
Non so se mi sono spiegato!