Anche io sarei dell'idea che la cosa migliore sia agire in parallelo: soluzione bug + creazione nuovo codice or ducumentazione UML.

Non conosco doxygen, ma dal momento che ti è stato chiesto di realizzare anche una docu UML, potresti proprio partire da qui!
1 - risolvi i problemi attuali col gestionale, contemporaneamente capisci\studi come risolveresti il problema con una codifica OO migliore

2 - quindi stili il tuo UML il quale lo presententarai a fine step.

3 - A questo punto se vorranno migliorare il progetto partirari con il tradurre UML in php

Prendi il tutto con le pinze è solo una mia interpretazione, ovviamente quando si tocca con mano è tutto un pò diverso

Tienici aggiornati, la cosa è interessante