Perdona la poca chiarezza! .
Intendevo dire che se tu con il tuo htaccess operi per riscrivere un url, esempio:

http://www.tuosito.it/index.php?prodotto=macchina
http://www.tuosito.it/prodotto/macchina/

Nei tuoi collegamenti, o quant'altro, dovrai utilizzare la tua URL riscritta e non quella che presenta query string, sennò non avrebbe avuto senso riscriverla.

L'htaccess non funge da "redirect" automatico all'url che vuoi...