I guai che si combina sul registro di sistema non sono recuperabili tranne che:
[list=1][*]Non si riscrivano manualmente le chiavi cancellate (cosa che da quelo che capisco non sei in grado di fare)[*]Si abbia fatto una copia di sicurezza del registro di sistema prima di manometterlo[/list=1]

Puoi provare a reinstallare solo le applicazioni che non funzionano più