Ho fatto alcune prove anch'io e ho notato che funziona appunto solo con i dispari , perciò ti propongo una soluzione di base e cioè quella di aumentare di 2 ids

codice:
$(document).ready(function(){
	    var ids = 1;
		$("#addt").click(function(){
		$('.ftd').append('<label>Descrizione</label>
<textarea name="desc[]" id="' + ids.toString() + '"></textarea>
');
		tinyMCE.execCommand('mceAddControl', false, ids.toString());
		ids+=2;
		});
	});
(cosi funziona a me)