ma se ti recuperi il codice html della pagina tramite php? non mi sembra il caso di scomodare js per questioni del genere. Ti dovrebbe bastare usare il metodo file_get_contents di php, poi ti fai il parse del codice e con xpath e recuperi i valori che ti interessano. Se invece vuoi continuare con js, ti dovrebbe bastare questa modifica:

codice:
 $(document).ready(function(e) {
	$(".subsequence").each(function(index, element) {
                var element2=element + " .subsequence .header";
		$(element2).css("background-color","#FF0");
		alert($(element2).html());
    });
	
});