la variabile element, corrisponde all'iesimo elemento del DOM che ha come classe subsequence. La riga di codice da te segnalata non l'ho presa proprio in considerazione perche non ho capito che cosa vuoi ottenere e non consoco il markup della pagina. In teoria basterebbe questo:

codice:
$(document).ready(function(e) {
	$(".subsequence").each(function(index, element) {
		$(element).css("background-color","#FF0");
		alert($(element).html());
    });
});