Ok, ho modificato la funzione, ma resta comuqnue il warning. La situazione aggiornata è la seguente:

la funzione prende in ingresso un char *stringa.

ne faccio una copia:
char *cpy = strdup(stringa);

tokenizzo:
char *ptr1 = strtok(cpy, ",");
char *ptr2 = strtok(NULL, ";");

trim:
char *ptr1 = (char*) trim(ptr1);
char *ptr2 = (char*) trim(ptr2);

ptr1 e ptr2 sono due char*, e trim restituisce un char*...