Non mi è chiaro come un disco esterno (suppongo collegato via USB a qualche macchina), senza SO, possa fungere da server...
Sei sicuro che invece non sia un NAS con porta di rete integrato?
In tal caso un SO deve averlo per forza... come minimo avrà un pannello di controllo accessibile da interfaccia web.
In tal caso, se l'interfaccia web non ti offre tra le su opzioni quella di deframmentazione, temo che l'unica sia estrarre il disco e collegarlo via USB o SATA ad una macchina che possa deframmentarlo.