Leggendo la documentazione su p3scan, vedo che si può usare uno script custom per controllare la posta (bisogna impostare nel file di configurazione scannertype=bash e scanner=/percorso/al/tuo/script).

Nel .tar.gz c'è un esempio di script di scansione (p3scan.sh): rimuovendo un "#" lo script di esempio invoca clamdscan sul messaggio da esaminare, a te basta quindi aggiungere la parte per archiviare il file come ti pare.

Concatenando i messaggi che arrivano (con qualche accortezza - io andrei su mboxrd) dovresti ottenere un file mbox; in alternativa, puoi semplicemente copiare i messaggi che arrivano in una directory, usando un timestamp (più eventualmente qualche altra informazione) come nome.
Per evitare di sprecare troppo spazio su disco poi io metterei in cron uno script che ciclicamente metta da parte i messaggi in un tar.bz2 (eventualmente in stile rotazione log se dopo un po' i messaggi vecchi si possono buttare).