quando clicchi su un link e ti cambia pagina quello che hai fatto in javascript si perde. Dovresti invece al caricamento della pagina settare la classe active in base a qualcosa che ti permette di riconoscere quale link effettivamente deve avere questa classe.

Una soluzione che puoi sicuramente adottare consiste nel confrontare l'url della pagina attuale con l'attributo href dei diversi link così da assegnare la classe al giusto link.