Esempio completo con il quale puoi giocare.

Per quanto riguarda l'html disabilita i campi relativi al totale della riga (aggiungendo disabled='disabled'), e cerca di dare un id o una class alla tabella fatto questo l'html per come l'hai postato va bene.

Per quanto riguarda jquery

codice:
$(function(){
  //calcolo quando carico la tabella
  calcolatotali();
  //ricalcolo ogni volta che interagisco con i campi di testo
  $(".minifield").keyup(function(){calcolatotali();});
});
  
function calcolatotali()
{
  //oggetto che salva i totali
  report = {totale:0, qta:0, prezzo:0};
  //scorro le righe della tabella
  $.each($("#mytable tr"), function(){   
    //prendo per ogni riga i valori che servono a calcolare il totale
    var sconto=parseFloat($(this).find(".minifield[name='Sconto1']").val());
    var qta=parseFloat( $(this).find(".minifield[name='Quantita']").val());
    var prezzo=parseFloat( $(this).find(".minifield[name='Prezzo']").val());
    //calcolo il totale della riga
    var totriga = prezzo*qta - (prezzo*qta)*(sconto/100);
    //lo scrivo nell'apposito campo
    $(this).find(".minifield[name='TotRiga']").val(totriga);
    //aggiorno le property dell'oggetto report
    report.qta += qta;
    report.prezzo += (prezzo*qta);
    report.totale += totriga;  
  });
  //dump dell'oggetto report
  console.log(report) ;
}
Al link iniziale troverai il codice scritto sicuramente in maniera più pulita.

Fai attenzione però che dovresti aggiungere la validazione dei campi (l'utente potrebbe inserire lettere e altri simboli) e inoltre keyup potrebbe non funzionare su tutti i browser.