Al volo senza pensarci troppo mi viene in mente una cosa così
Codice PHP:
$vecchio_array = array
(
    
'201109' => 1,
    
'201201' => 1,
    
'201204' => 1,
    
'201209' => 2,
    
'201210' => 1,
    
'201211' => 98,
    
'201212' => 2
);

$nuovo_array = array();
foreach (
$vecchio_array as $key => $value)
{
    
$anno substr($key,0,3);
    
$mese substr($key,4,5);
    
$nuovo_array[$mese.'-'.$anno] = $value;