Ciao Enoa e grazie per le risposte.
Prima di tutto ho provato un .htaccess nella root con il codice che mi hai dato ma non funziona, infatti digitando un url come www.miosito.it/articolo/79.html mi viene restituito un errore 404 invece di andare a finire su www.miosito.it/articolo.php?id=79.
Ho rimosso l'htaccess dalla root.

Secondariamente, rispondo ai tuoi dubbi.

Ciò che voglio ottenere è un rewrite degli url allo scopo di aumentare la visibilità ai motori di ricerca.

Al momento sono riuscito ad ottenere due possibili soluzioni alternative:
A: un redirect dalla cartella magazine verso la root, in questo modo www.miosito.it/magazine/articolo/79.html
redirige il visitatore alla pagina
www.miosito.it/articolo.php?id=79 e il visitatore vede il cambio di url

B: un rewrite che fa la stessa identica operazione, mostrando però l'url seo
l'unico inconveniente di questa soluzione è che i link relativi delle pagine sono da modificare, ma se è per la seo, si farà.

inoltre, sia usando A che B, le pagine php con query string sono raggiungibili lo stesso.

Riassumendo, allo stato attuale per arrivare a
www.miosito.it/articolo.php?id=79
posso arrivarci anche tramite
www.miosito.it/magazine/articolo/79.html
Ciò migliorerà o peggiorerà la SEO?