Hai controllato che le impostazioni audio, video, compressione, ecc. non siano impostate a dare una qualità superiore all'originale?

Ho notato però che molte di queste anomalie anche con altri tipi di file ad esempio le immagini, se salvate con diversi software danno delle dimensioni diverse.

Esempio:
Se apro un PDF con un programma standard e lo salvo con altro nome senza fare alcuna modifica e poi faccio la stessa cosa con Adobe Acrobat, noto che il file seppure identico all'altro, salvato con acrobat è almeno il doppio o il triplo del peso