Prova a dare un'occhiata a questo

codice:
flag=0;
for(i=0; i<=(N*N)-1; i++) 
{
   for(j=i+1; j<=(N*N)-1; j++)
      if(ar[i]==ar[j])
         flag=1;
}
e anche

codice:
if(flag==1)
   printf("\nCi sono elementi ripetuti!\n");
else
   printf("\nNon ci sono elementi ripetuti!\n");