Nel file .pro inserisci:

codice:
unix:!mac {
  LIBS += -Wl,-rpath=\\\$$ORIGIN/libs
}

INCLUDEPATH += ../../qwt-6.0.1/src
unix {
    INCLUDEPATH += ../../ffmpeg-0.11.1/
    unix:!mac {
        LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/libqwt.so
        LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/libqwtmathml.so
    }
    unix:mac {
        LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/qwt.framework/qwt
        LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/qwtmathml.framework/qwtmathml
    }
}
windows {
    LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/libqwt.a
    LIBS += ../../qwt-6.0.1/lib/libqwtmathml.a
}
Aggiusta i percorsi. Quando distribuisci il programma metti le libreriee in una sottocartella libs di dove si trova l'eseguibile (in Linux) mentre nella cartella dell'eseguibile in Windows.

Ciao ciao.