Perdonami, ma in cosa sarebbe meglio per l'utente il fatto di non vedere nulla del sito per quei 5 secondi, invece che vedere qualcosa e poi vederlo aggiornarsi?
Da utente, preferisco di certo veder arrivare la pagina subito, anche se poi si aggiungono delle informazioni, piuttosto che aspettare di fronte ad una pagina bianca...
Comunque, lo stesso non capisco che cosa sia ad essere così lento: a mio avviso tutte le elaborazioni dovrebbero essere fatte lato server, e il tempo di generazione della pagina dovrebbe essere mantenuto al di sotto di 1,5 secondi massimo.
In caso contrario, quello di cui hai bisogno è un sistema di caching lato server, che ti permetta di fornire all'utente una pagina già pronta, e quindi veloce.
Perdonami, ma tra l'altro non capisco se stai usando javascript per fare delle elaborazioni oppure hai scritto qui solo perchè pensavi che JS fosse la soluzione al tuo problema...