Non puoi discriminare perchè il lettore che usi è ad emulazione di tastiera, significa che dopo aver 'sparato' il codice letto, invia un carattere di controllo che equivale al tasto INVIO, che è appunto quello che fa l'operatore quando digita manualmente nella casella di testo.

Una soluzione potrebbe essere quella di predisporre due TextBox diversi: uno per la tastiera ed uno per il lettore, ma in questo caso l'operatore dovrebbe sembre ricordarsi di scegliere quello giusto (la vedo una soluzione debole ed inaffidabile).

Altrimenti NON devi utilizzare l'emulazione di tastiera, ma a questo punto ti complichi la vita non poco.
Diverso sarebbe se tu usassi un lettore portatile previsto di 'culla' in cui l'operatore carica in sequenza tutti i codici degli articoli, poi inserisce il lettore nella culla e da questa vengono 'inviati' i codici al programma (ovvio che dovrai gestire il tutto con una apposita procedura).
In questo caso saresti sicuro che i codici provengono dal lettore.

A te la scelta.