- le modifiche di Xorg puoi attivarle riavviando X stesso:
chiudendo gdm e riavviandolo, o troncandolo: ctrl-alt-backspace


- "credo" che avvii di default quell'ambiente con cui si era chiuso


- dici che da remoto non vedi la barra di "gnome" con i menu?
oppure puoi con alt-f2 lanciare un comando (es. xterm)



p.s.
https://help.ubuntu.com/12.04/serverguide/
http://www.vecchiomago.net/sections/...erverguide.pdf
http://ubuntuserverguide.com