mi pare funzionino bene contemporaneamente. Nel css il background che menzionavi è #414141, anzi in http ://test.ferramentaguarducci.it/admin/mlmenu/smooth2/ddsmoothmenu.css è #3c4872; ma nel css caricato successivamente http ://test.ferramentaguarducci.it/admin/mlmenu/smooth/ddsmoothmenu.css è #414141. Stai caricando più copie dello stesso css e magari modifichi il primo lasciando invariato il secondo che lo sovrascrive (attenzione anche che vanno in head e non in body)