FTP è un tipo di protocollo (file transfer protocol). Lo script in questione usa il protocollo HTTP per caricare il file.

per capire come installarlo devi innanzitutto capire che server hai sotto mano: windows o unix? Se è unix che distribuzione stai usando: ubuntu, debian, centos, ... ?

edit: aggiungo che ci sono script mihliori di quello da te scelto come pluploader, senza dover installare nulla su server.