ti serve prendere l' altezza di un altro elemento contenuto in quello che stai valutando e che contenga tutto quello che determina la vera altezza del contenuto
se non c'e' questo elemento puoi generarlo/rimuoverlo al volo
http://jsfiddle.net/gaby/uFQVt/1/

oppure rimuovere temporaneamente l' altezza definita nel css (settandola ad auto) ma provochera' un "salto" momentaneo

oppure appendi il tutto altrove, ben fuori viewport, rilevi l' altezza e appendi nel tuo contenitore

ciao