Ciao.
Gli stampatori a me hanno sempre dato come impostazione 5mm per ogni lato. Domanda allo stampatore.
Per quanto riguarda il metodo di composizione, leggi qui:
http://help.adobe.com/it_IT/indesign...b3f-704ba.html

Sarà quindi a cura del service, produrre le lastre con abbinate le giuste pagine, mediante l'opzione "Stampa opuscolo" e imposterà anche lo "Slittamento", che è ciò di cui ti preoccupavi giustamente tu.
Producendo una lastra con due pagine accostate, i margini da rifilare saranno sempre 4.