Aggiungo a quello che a scritto LeleFT:
mettiamo che tu abbia 20 righe e quindi hai una matrice del tipo:
char m[][] = new char[20][3];
e che nella "String riga" hai appena letto dal file "DEF"
allora la i-esima riga della matrice la puoi settare con:

m[i] = riga.toCharArray();

Ciao.