REGISTRAZIONE
L'utente inserisce username e password nel form di registrazione, uno script riceve i 2 dati (anche altri se vuoi), il primo lo inserisci in chiaro nel db, la password la modifichi ad esempio passandola a sha1()

$crypted_pass = sha1($_POST['password']);
e nel db ci metti questa.

LOGIN
L'utente inserisce username e password nel form di login, esegui sul db una query del tipo
Codice PHP:
$username mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$password sha1($_POST['password']);
$query "SELECT * FROM utenti WHERE username='".$username."' AND password='".$password."'; 
Se trovi un riscontro bene, altrimenti username e/o password inserite nel login sono sbagliate.