Non esiste UNA logica assoluta.
Esistono:
- il rispetto della sintassi in relazione alla DTD usata
- il rispetto della semantica (ogni tag viene usato per quello che e` non forzato a fare cose diverse)
- alcune buone pratiche (best practice) - che si imparano con l'esperienza

Pero` quello che serve a te in questo momento (mia interpretazione personale) sono dei modelli, ed in rete si trovano ottimi esempi.
Puoi partire dai siti citati nei "link utili" di questo forum, dove sono riportate alcune raccolte di menu (fra le tante cose) che ti possono servire come guida. A me personalmente piacciono i menu di CSSplay, sia per come sono organizzati che per come sono realizzati.