Puoi mettere anche il contenuto del file?


codice:
FileReader file = new FileReader("input.txt");
        b = new BufferedReader(file);
        String in=null;
        int i=0;
        while((in=b.readLine())!=null) //calcolo il numero di righe nel file
        {
			i++;
	}
		String[] a = new String[i];
		for (int k=0;k<a.length;k++)
		{
			a[k]=b.readLine();
		}
Inizializzi un array unidimensionale con il contenuto del file.
Poi non ho ben capito come è strutturato il file.