Base64 è un comunissimo modo per esprimere i dati binari in formato stampabile.

Metti che tu hai dei dati e vuoi passarli che so su di un file di testo. Per fare in modo che vengano letti correttamente, vengono "trasformati" in un formato stampabile, appunto il base64. E' da capire quale è la tua stringa di partenza.
Usare il base64 non cambia la natura della stringa (sempre una sequenza di caratteri), cambia la natura logica del contenuto.

qui hai quello che dice wikipedia in italiano.

Fai conto che in java, se parti dal base64, quello che devi fare è semplice:

codice:
byte [] input = Base64.decode(stringa); 

byte[] output = md5 (input);
fai conto che spesso anche l'output viene trasformato in base64

ps non mi ricordo il package, ma la rete è piena di esempi di conversione da base 64 a binario