una soluzione poco elegante per tagliare la testa al toro potrebbe essere entrare un livecd di linux, fare il backup dei dati che ti servono o di tutto i dati della partizione, formattare la partizione tramite linux e poi ripristinare i dati.

Non so quali effetti possa avere nel caso tu abbia installato programmi o file di sistema su quella partizione, nel caso invece tu abbia solo file video, musicali o comunque file non critici per il sistema operativo non dovresti avere problemi.