Chi mai ti ha detto che si possa [facilmente] a run-time richiamare una funzione in PHP o viceversa?
Il PHP e' un linguaggio lato server e come tale tutto il codice viene elaborato dal server prima che la pagina risultante venga spedita al browser al quale spetta eseguire il javascript.

Ripensa il percorso logico-temporale della tua applicazione ed eventualmente fai ricorso ad Ajax (cerca) per il dialogo browser-server.