Ciao koco, se non ho capito male a differenza dell'altro utente tu hai una struttura in ci c'è sempre anche un tag <a> contenuto nel <div>.

Ovviamente facendo una ricerca nel div jquery troverebbe Sempre del contenuto... CIO il tra <a> anche se vuoto... per ovviare al problema basta approfondire la ricerca, dicendo A jquery che il tag nel quale cercare la presenza di contenuto non è il div stesso ma il tag <a> contenuto nel div.

Per
Html
Codice PHP:
<div id='regione'><a></a></div
Jquery . Se vuoi rimuovere tutto il div "regione"

Codice PHP:
$(function() {
  $(
"#regione > a:empty").parent('#regione').remove();
}); 
Altrimenti se vuoi nascondere solo i tag <a> vuoti

Codice PHP:
$(function() {
  $(
"#regione > a:empty").remove();
}); 
Sono sul tablet non posso testare, dimmi se funziona