Per prima cosa torna a un punto di ripristino precedente l'installazione di ncleaner, poi riavvia il sistema e vedi se riconosce le porte.
Se non le riconosce ancora, o se non hai punti di ripristino, dal pannello di controllo, Sistema, Gestione periferiche, vedi le porte usb?
- Se sì, clic destro su ciascuna e Disattiva. Riavvia il sistema, dovrebbe riconoscerle e resettarle da solo.
- Se no, suggerisco di fare il ripristino di Windows da CD, anche procurandotene uno in prestito e sostituendolo provvisoriamente.

Ovviamente è sottintesa la rimozione, comunque, di ncleaner, magari usando Revo Uninstaller in modalità moderata. Se proprio vuoi fare la pulizia periodica del registro, usa Ccleaner disattivando però Installatori, Software obsoleto, Servizi di Windows.