Scusa se te lo dico ma credo che tu abbia le idee un po confuse, perchè un programma per utilizzare codice matlab deve avere il parser apposito (che è proprietario).
L'unico modo che hai per fare esattamente quello che vuoi è scriverti una libreria che interpreti il linguaggio di matlab e lo trasformi in codice c#, dopo di che utilizzare questa libreria nella tua applicazione. Ovviamente le prestazioni ottenute non saranno minimamente simili a quelle ottenute da matlab sul quale lavorano fior fiori di professionisti che da anni ottimizzano qualsiasi operazione.

Detto questo, quello che invece puoi realmente fare è studiarti questi file di matlab e scrivere codice c# equivalente.
Oppure crei l'immagine utilizzando matlab e poi scrivi un programma in c# che lavora direttamente su questa