Devi/vuoi per forza farlo tramite .bat ? Ci sono molti programmi (anche free) di backup o sincronizzazione che sono in grado di trasferire file da/verso server FTP
Non potrebbe andarti bene uno di quelli ? (spesso hanno anche funzionalità di schedulazione quindi li progammi perchè facciano questa cosa una volta al giorno, una volta a settimana, etc)

Vedi ad esempio: http://www.cobiansoft.com/cobianbackup.htm (ma ce ne sono anche molti altri)