Non ho modo ora di testare la pagina con IE, ma vedo che hai nella pagina diversi script e usi sia jquery che mootools lo sai che le due librerie vanno in conflitto? E che in rete trovi soluzioni in merito? Il problema potrebbe essere dato da questo, nel caso non fosse cosi la soluzione potrebbe essere complessa, si dovrebbe "smontare" buona parte del sito e rimontarla passo passo per capire quando entrano i conflitti, valuta tu se ne vale la pena, per ultimo le inclusione vanno fatte correttamente librerie > script (associati alle librerie) > css non a casaccio.