Non so se ho visto giusto, ma mi sa che stai sbagliando approccio: per fare quello che vuoi tu è sufficiente fare in modo che la classe passi al thread le informazioni prima di farlo partire:

codice:
...
// Creo il thread
MioThread mt = new MioThread();

// Gli passo tutte le informazioni di cui ha bisogno
mt.passaInformazioni( ... );

// Alla fine di tutto, faccio partire il thread
mt.start();
Il wait()/notify() è una tecnica di "sincronizzazione"... ovvero, un thread che per lavorare ha bisogno di alcuni dati, li attende da qualcun altro (magari un altro thread) in un determinato posto e sarà questo posto che mette in wait() il thread e lo risveglia al momeno giusto con un notify()/notifyAll().


Ciao.