Non conosco bene le wxPython, ma probabilmente deriva dal fatto che la SetLabel aspetta il successivo evento di ridisegno prima di aggiornare effettivamente il testo, ma la subprocess.call è bloccante, per cui il message loop resta bloccato nel frattempo e il testo dell'etichetta quindi non viene aggiornato. La cosa più semplice può essere dare una
codice:
self.lblWait.Update()
subito dopo la prima SetLabel. Nota comunque che, per tutta la durata della subprocess.call, l'interfaccia rimarrà comunque bloccata.