Come hai fatto ad aprire il vdproj in VS 2012? A quanto ne so non è più supportato questo formato di progetto.

È molto strano tutto ciò. L'ho riscaricato e ho riprovato (sempre in VS 2010) a rebuildare ogni singolo componente e infine a compilare il vdproj ma ottengo le stesse segnalazioni. Non ottengo i "suggerimenti" che invece ottieni tu sulle modifiche automatiche per farlo funzionare...

A scanso di equivoci ti scrivo il procedimento che ho seguito io:
  • per ogni componente (cartella) del progetto apro il relativo file csproj e lo compilo. L'ordine con cui compilo ogni componente non è casuale ma dettato dalle dll richieste dai singoli componenti (ad esempio UP.Data è il primo che compilo perchè non richiede le dll degli altri componenti mentre UP.Service ha bisogno di UP.WebService.dll, UP.Core.dll e UP.Configuration.dll generate dalle rispettive compilazioni nella cartella /bin/debug)
  • Apro in VS2010 il file UP.Setup.vdproj nell'omonima cartella e ottengo questo screen
    https://dl.dropbox.com/u/77267827/screen.jpg