Io uso MVC più per immediatezza dei dati e penso si possa apprezzare di più nei progetti medio grandi.
Ad esempio quando creo una pagina di login so che quel controller mi gestisce la struttura e so che CSS gli carico e quali JS ha bisogno.
Nel model corrispondente vedo come interagisce con il DB e so che il login_model fa solo quello. Così infine il view mi creerà la parte grafica solo di quella pagina..

Io poi uso una cartella (che chiamo LIBS) dove ho delle classi funzioni in autoload di cui posso aver bisogno in diverse sezioni (gestioni crittografia, sessioni, archivi compressi, pdf etc..)