Una soluzione potrebbe essere:
codice:
$(function(){
   if($('#left').height()>$('#right').height()){
      $('#right).css('height',$('#left').height());
   }else{
      $('#left).css('height',$('#right').height());
});

<div id="wrapper">
   <div id="left"></div>
   <div id="right"></div>
</div>
Ma è ancora meno elegante del bg sul wrapper.