L'esempio mi ha un po' confuso, mettiamo che 54=Roma, ed è presente in $paesi dopo l'explode, quando la seconda query processerà i 3 record:
prova | questa è una desc | 54, 66, 67, 88
prova | questa è una desc | 54, 57, 67, 88
prova | questa è una desc | 54, 89, 67, 88

Non avrai comunque come risultato 3 record con "prova | questa è una desc"?