Sì, il rischio c'è, per cui devi introdurre un qualche meccanismo di sincronizzazione tra i due processi; in particolare, una possibilità può essere aprire il file in modalità esclusiva (il modo per farlo dipende dal sistema operativo), o creare un "file di lock" (o un mutex) la cui esistenza segnala che il file è "impegnato". Oppure, usare un meccanismo diverso per far comunicare i due processi.
Dovresti però specificare meglio il problema: tu hai i sorgenti di questi due programmi? Cosa fanno esattamente?