Eh sì, in teoria dovresti rimettere tutto quanto. Io ti consiglio di mettere solo quelli importanti e di tralasciare tutti gli altri, non è la prima volta che un aggiornamento mi da' dei problemi che prima non avevo.. e come hai visto anche tu non sempre è il caso di seguire le indicazioni di win

Quello che ti consiglio invece è di fare una bella immagine del disco con un programma apposito (tipo acronis o altri gratuiti) su un disco esterno, e di tenerla via per quando win andrà nuovamente fuori posto