Installando Ubuntu hai cambiato il filesystem del disco in EXT3 e Windows non lo legge.

Quello che puoi fare è partizionare l'hard disk esterno, poi la partizione con Ubuntu la lasci com'è, l'altra la riformatti specificando NTFS come filesystem.
Lo devi fare da Ubuntu, puoi usare GParted per farlo.
Se cerchi su Google troverai molte guide che ti spiegano come fare.