Senza vedere il codice che usi per compiere quell'operazione è difficile capire quale potrebbe essere il problema.

Però, non so se mi sbaglio, mi sembra di capire che tra i record della tabella "nota_fiscale" e quelli della tabella "conferma_emissione_nf" ci sia un rapporto uno a uno.

Se è così, non ti converrebbe fare tutto in un'unica tabella in modo da evitare meccanismi di programmazione che possono portare a problemi, tipo quando inserisci un valore in un record in una tabella cancelli un record in un'altra?