le modifiche ai tuoi file non sono state operate manualmente e difficilmente autenticandosi con tuoi username/password ftp
Il server che ospita il tuo sito e' stato bucato e quello che devi fare in casi del genere e' riportare immediatamente l' accaduto a chi fornisce l' hosting, perche' il problema di sicurezza riguarda loro piu' che te
Non avendo questa discussione molta attinenza con javascript qui chiudo
per ulteriori informazioni al riguardo la sezione "Sicurezza informatica e virus" e' piu' adatta
ciao, buona giornata