Tu all'inizio leggi il file matrice2.txt e poi il file matrice.txt ... perché due file diversi?

E poi, nella funzione acquisisci_matrice (riscritta per chiarezza) in questo ciclo while

codice:
while(fscanf(fp,"%s", &V)!=EOF)
{
    vett[i]=V; 
    i++; 

    for(i=0;i<DIM;i++) 
        printf("%c",vett[i]); 
}
la variabile i viene utilizzata sia dalla while sia dalla for al suo interno ...