Perché devi prima "nascondere" quello già presente e poi mostrare il nuovo:
Codice PHP:
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.3.0/jquery.min.js"></script> 
<script type="text/javascript"> 
var auto_refresh = setInterval( 
function () 

$('#refresh').fadeOut('slow').load('pagina1.php').fadeIn("slow"); }, 9000);  
</script> 
Prova così, ho solo aggiunto il fadeOut.