Perché devi prima "nascondere" quello già presente e poi mostrare il nuovo:
Prova così, ho solo aggiunto il fadeOut.Codice PHP:
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.3.0/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
var auto_refresh = setInterval(
function ()
{
$('#refresh').fadeOut('slow').load('pagina1.php').fadeIn("slow"); }, 9000);
</script>